采用物理化學方法處理含硫廢水時，需要添加化學藥品和催化劑，在處理過程中需要通空氣(或氧氣)加熱，并需要分離處理等，因而能耗一般較大。投加化學藥品也會引起二次污染，并可能存在設(shè)備腐蝕等問題，且處理后的氣體、液體或沉淀物等末端產(chǎn)物還需再處理，成本較高。

但一些新興的物化處理方法，如WAO法和SCWO法，處理效率高，處理徹底，日益受到人們重視。生化方法(以生物處理為主)與傳統(tǒng)物化處理方法相比，前期投資較大，但后期運行管理費用一般不高，或者由于可以得到單質(zhì)硫產(chǎn)品而降低成本。另外，由于一般不必添加有毒化學藥品或催化劑，處理過程在常溫常壓下進行，無論對工藝的要求還是對設(shè)備的要求都比物化處理低。

在工程實際中，各種處理方法均有其局限性，建設(shè)投資費用及運行費用由工程使用要求決定。選用何種處理方法取決于工程實際情況、已有處理設(shè)施以及當?shù)氐沫h(huán)境排放標準等。在實際含硫廢水處理中往往多種方法聯(lián)合使用，以達到所需要的處理要求。

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